判斷發酵過程進行是否順利，主要根據發酵物料中有機物的變化和發酵工藝控制參數的變化。由于發酵過程是充分利用原料中的微生物菌群的作用，所以凡是能影響這些微生物菌群活性的因素（如營養、水分、空氣、溫度和pH值等）就是決定原料發酵化的控制性條件。

i. 含水率調節

大量研究表明，含水率低于30%時，微生物在水中提取營養物質的能力降低，有機物分解緩慢；當水分低于12%~15%時，微生物的活動幾乎停止。反之，含水率超過65%時，水就會充滿物料顆粒間的間隙，堵塞空氣的通道，使空氣含量大量減少，發酵由好氧狀態向厭氧轉化，溫度急劇下降，其結果是形成發臭的中間產物。所以原料含水率無論是過低還是過高均影響原料發酵的效果，當含水率太低時，微生物在水中攝取營養物質的能力降低，有機物分解停止；含水率過高使堆料互相粘結，將堵塞空氣的通道，從而使發酵呈厭氧狀態。所以原料發酵必須有效控制原料的含水率，含水率調節的方法有：添加干物料（調理劑）、成品回流、熱干化、晾曬等。

ii. C/N比調節

在發酵過程中，有機物碳氮比對分解速度有重要的影響。以細菌為例，細菌的碳氮比為4~5:1，而合成這樣的體質細胞還要利用16~20份碳氮素來提供合成作用的能量，故它們進行生長繁殖時，所需的C/N是20~25:1；而真菌的碳氮比約為10:1，故發酵過程最佳C/N是25~35:1。如果C/N是40:1，可供消耗的碳元素多，氮素養料相對缺乏，細菌和其他微生物的發展受到限制，有機物的分解速度就慢，發酵過程就長。如果C/N更高，容易導致成品發酵的碳氮比高，這種發酵施入土壤后，將奪取土壤中的氮素，使土壤陷入氮饑餓狀態，會影響作物的生長。若C/N低于20:1，可供消耗的碳素少，氮素養料相對過剩，則氮將變成氨態氮而揮發，導致氮元素大量損失而降低肥效。因此，發酵前須進行原料的C/N調節。調節的方法是向高濕原料中加入含碳較高的物料，如木屑、秸桿粉、落葉等。C/P比則應控制在70～150:1的范圍。

iii. pH值調節

物料pH值在原料的發酵過程中是十分重要的。由于在中性或微堿性條件下，細菌和放線菌生長最適宜，所以原料發酵化的pH值應控制在6～8的范圍內，且最佳pH值在8.0左右，當pH值＜5時，發酵就會停止進行。原料一般情況下呈中性，發酵時一般不必特別調節。即使發酵過程中pH值發生了變化，到發酵結束后，原料的pH值幾乎都在7～8之間。因此可以用pH值作為發酵熟化與否的控制指標。常用調理劑有CaCO3、石灰和石膏等。

iv. 溫度調節

溫度是反應發酵化效果的綜合指標。溫度直接影響微生物降解有機物的速度，是影響微生物活動和發酵工藝過程的重要因素。發酵初期，堆層基本上呈中溫，嗜溫菌較為活躍，大量繁殖。它們在利用有機物的過程中，有一部分轉化成熱量，由于發酵物料具有良好的保溫作用，一般堆積發酵2~3d后，溫度就可升至50～60℃，在這個溫度下，嗜溫菌受到抑制，甚至死亡，而嗜熱菌的繁殖進入激發狀態，嗜熱菌的大量繁殖和溫度的明顯提高，使發酵直接由中溫進入高溫，并在高溫范圍內穩定一段時間。正是在這一溫度范圍內發酵中將病原菌、寄生蟲卵被殺死，腐殖質開始形成，發酵達到初步腐熟。在后發酵階段（二次發酵），由于大部分的有機物在主發酵階段（一次發酵）已被降解，因此發酵不再有新的能量積累，發酵也就一直維持在中溫（30～40℃），這時發酵產物進一步穩定，最后達到深度腐熟。

一般而言，嗜溫菌最適宜溫度在30～40℃，嗜熱菌發酵最適宜溫度在50～60℃。根據衛生學要求，在發酵過程中，發酵溫度至少要達到55℃，才能殺滅病原菌和寄生蟲卵。但近年來的許多研究發現，溫度過高（大于70℃）會抑制微生物分解有機物的速率，降低發酵產品的質量，溫度過低也不利于發酵化過程，微生物在40℃左右的活性只有最適溫度時的2/3左右，發酵時間延長。一般來說，發酵溫度范圍在55～65℃時，發酵綜合效果最佳，55℃以上高溫期持續5-7天以上。

v. 發酵時間控制

發酵的時間一般同原料種類、含水量、溫度、輔料添加比例及堆料前處理方法不同而異。本項目一次發酵采用12~15d發酵期，二次發酵利用全自動微生物反應機可在3.5小時完成生物有機肥的制造。

主要是將物料（牛糞.羊糞.豬糞.雞糞.污泥.沼渣.稻草.玉米秸）等動物糞便有機廢棄物經過發酵腐熟以后含水分約30%-35% 的有機廢棄物經粉碎篩分后，與黏結劑（膨潤土.腐殖酸）及需配比的其他成分的原料按配比要求在配料混合系統中進行計量、（添加功能菌可生產生物有機肥，添加氮、磷、鉀（總養分含量低于15％）可生產有機無機肥）配料、混合，經充分混合后的物料由皮帶輸送機均勻連續的喂入造粒機中，經拋光整形機拋圓成球狀顆粒，經烘干機進行低溫大風量烘干（≤65℃）后進行冷卻、篩分，成品顆粒由皮帶輸送到成品料倉，經電腦定量包裝系統計量、包裝入庫。